DNA甲基化實(shí)驗(yàn)服務(wù)
甲基化檢測(cè)
DNA的甲基化(Methylation) 是早發(fā)現(xiàn)的基因表觀修飾之一，甲基化僅修飾胞嘧啶，DNA的甲基化修飾是在DNA甲基化轉(zhuǎn)移酶的作用下使CpG雙核苷酸5端的胞嘧啶轉(zhuǎn)變?yōu)?-甲基胞嘧啶，由于CpG島主要位于基因的啟動(dòng)子和第--外顯子區(qū)域，其甲基化修飾通常抑制基因的表達(dá)，去甲基化后基因重新活化和表達(dá)。DNA甲基化修飾方式在不改變基因序列的前提下實(shí)現(xiàn)對(duì)基因表達(dá)的調(diào)控。
主要檢測(cè)方式
1. MSP:甲基化特異性PCR (Methylation-specific PCR)即用亞硫酸氫鹽處理基因組DNA.未甲基化的胞嘧啶被轉(zhuǎn)化為尿嘧啶，甲基化的胞嘧啶不會(huì)發(fā)生改變，設(shè)計(jì)針對(duì)甲基化序列的引物進(jìn)行PCR擴(kuò)增,然后通過(guò)電泳等檢測(cè)手段檢測(cè)MSP擴(kuò)增產(chǎn)物來(lái)確定位點(diǎn)是否存在甲基化。
2. BSP:亞硫酸氫鹽測(cè)序法(Bisulfite sequencing PCR)與MSP相似，用亞硫酸氫鹽將未甲基化胞嘧啶轉(zhuǎn)化為尿嘧啶，設(shè)計(jì)BSP引物進(jìn)行PCR,擴(kuò)增中尿嘧啶全部轉(zhuǎn)化為胸腺嘧啶，對(duì)PCR產(chǎn)物進(jìn)行測(cè)序來(lái)判斷CpG位點(diǎn)是否甲基化。
HRM:高分辨率溶解曲線法(High Resolution Melting)原理也是用亞硫酸氫鹽處理。未甲基化的胞嘧啶經(jīng)PCR擴(kuò)增變成胸腺嘧啶，樣品中的GC含量發(fā)生變化從而溶解溫度發(fā)生變化,從而確定位點(diǎn)是否發(fā)生甲基化?；谙拗菩詢?nèi)切酶的
測(cè)序方法:
1.靶向富集甲基化位點(diǎn)的測(cè)序方法
2. SMRT測(cè)序法
結(jié)果展示
Assay Name: miR-152-S1(8CpG)
Sample ID: Si
Note:
實(shí)驗(yàn)完成周期及交付標(biāo)準(zhǔn)
1.實(shí)驗(yàn)周期: 3-5周
2.交付標(biāo)準(zhǔn):甲基化檢測(cè)結(jié)果、實(shí)驗(yàn)報(bào)告(實(shí)驗(yàn)步驟、試劑、儀器等)
需確認(rèn)的信息
1.目的基因及種屬
2.樣本類型(細(xì)胞、組織、血液等)
3.目的基因片段
參考文獻(xiàn)
[1] Sato S , Uemoto Y , Kikuchi T , et al. SNP- and haplotype-based genome-wide association studies for growth,
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[3] Yang Y , Scott S A. DNA Methylation Profling Using Long-Read Single Molecule Real-Time Bisulfite Sequencing
(SMRT-BS)[J] Methods Mol Biol, 2017, 1654:125-134.
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single-molecule real-time bisulfite sequencing (SMRT-BS).J]. Bmc Genomics, 2015, 16(1):350.
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