【案例分享】利用激光顯微切割(LMD)在空間背景下分離神經(jīng)元
通過利用個(gè)體多巴胺能(DA)神經(jīng)元空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)解決帕金森病之謎
在阿爾茨海默病之后,帕金森病是第二常見的進(jìn)行性神經(jīng)退行性疾病。在shou發(fā)癥狀出現(xiàn)之前,中腦中高達(dá)70%的多巴胺釋放神經(jīng)元已經(jīng)死亡。本文描述了如何使用現(xiàn)代激光顯微切割(LMD)方法幫助解決帕金森病之謎。研究涉及在空間背景下分離和分析神經(jīng)元。這些細(xì)胞來自帕金森病患者的死后黑質(zhì)組織樣本,以便深入了解該病的分子機(jī)制。
帕金森病是什么?
帕金森癥(PD)是一種神經(jīng)退行性疾病,會降低受影響個(gè)體的生活質(zhì)量。著名運(yùn)動(dòng)員muhanmodei·阿里和演員邁克爾·J·福克斯就是患有或曾經(jīng)患有帕金森癥的著名例子。該病的成因多種多樣,例如遺傳(邁克爾·J·??怂沟那闆r)或物理影響(muhanmodei·阿里的情況)。到目前為止,治療該病主要側(cè)重于癥狀的緩解,主要通過服用 L-DOPA(多巴胺前體)藥物來實(shí)現(xiàn)。
該病的根本原因是中腦或黑質(zhì)(SN,黑色物質(zhì))中一群多巴胺能(DA)神經(jīng)元的選擇性死亡[1,2]。在超過60%的多巴胺能神經(jīng)元損失后,才可見到第一個(gè)表型。因此,基于年齡和性別匹配的對照,對死后帕金森病患者的中腦組織進(jìn)行比較,就像是拿蘋果和香蕉進(jìn)行比較。因此,必須逐一分析黑質(zhì)致密部中幸存的多巴胺能神經(jīng)元,以發(fā)現(xiàn)這些特定多巴胺產(chǎn)生細(xì)胞之間的差異。
關(guān)于該病的起源有多種理論。因此,帕金森病可以比作一個(gè)拼圖。已經(jīng)找到了許多碎片,并且已經(jīng)組合了一些碎片,但仍然沒有人知道整個(gè)畫面是什么樣子。一些碎片的重要性尚未確定,也沒有人知道在能夠清楚地了解帕金森病之前,還需要找到多少碎片才能呈現(xiàn)完整的畫面。
空間背景下的
多巴胺能神經(jīng)元分離與帕金森病研究
使用的典型工作流程和實(shí)驗(yàn)程序
由于帕金森病通常在較晚的年齡出現(xiàn),因此用于研究帕金森病的動(dòng)物模型相當(dāng)罕見,因此,嚙齒類(小鼠和大鼠)模型沒有與人類相似的明確表型。在猴子中進(jìn)行的研究,其中帕金森病可以通過藥物引入,即使在較年輕的動(dòng)物中,也是昂貴的,并且需要許多研究人員無法獲得的特殊條件。除了這些挑戰(zhàn)之外,單個(gè)神經(jīng)元的活性通常通過電生理學(xué)來研究。這種方法需要活腦組織切片,而這是無法從人身上獲取的。因此,需要一種不同的方法來選擇性分析多巴胺能(DA)神經(jīng)元。出于這個(gè)原因,激光顯微切割(LMD)方法發(fā)揮了作用[3]。
圖1:用于帕金森病研究的實(shí)驗(yàn)流程圖:從人類死后帕金森病大腦和對照組個(gè)體的黑質(zhì)(SN)DA神經(jīng)元中,通過紫外線激光顯微切割(UV-LMD)和定量RT-PCR(實(shí)時(shí)聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng))基因表達(dá)分析進(jìn)行單個(gè)神經(jīng)元分析的協(xié)議。
數(shù)據(jù)和結(jié)果的分析與理解
通過將使用針進(jìn)行修補(bǔ)以提取內(nèi)容進(jìn)行下游分析的單個(gè)神經(jīng)元的分子生物學(xué)結(jié)果,與激光顯微切割(LMD)解剖的神經(jīng)元的結(jié)果進(jìn)行比較,可以證明這兩種收集方法的結(jié)果是可比的。此外,LMD允許研究人員從死后人類中腦收集單個(gè)神經(jīng)元,更具體地說,是從黑質(zhì)(SN)中收集,因?yàn)镈A神經(jīng)元由于含有神經(jīng)黑色素而呈黑色,因此很容易識別。使用LMD,可以分析來自死后帕金森病患者的單個(gè)存活DA神經(jīng)元和匹配對照組的表達(dá)模式,目的是找到兩組在分子水平上的差異。這種調(diào)查有助于理解帕金森病的病因或后果。
研究黑質(zhì)中多巴胺能神經(jīng)元時(shí)面臨的挑戰(zhàn)
分析不同的死后標(biāo)本就像是在帕金森病特定階段的“快照”。這些“快照”可以相互比較,但這些標(biāo)本不能用于檢測改變的基因表達(dá)是疾病的結(jié)果還是原因。需要進(jìn)一步研究這個(gè)問題。此外,考慮到帕金森病患者的基因表達(dá)僅在釋放多巴胺的神經(jīng)元中發(fā)生改變,那么對于帕金森病謎題的研究,只應(yīng)分析這些相關(guān)的細(xì)胞類型。如果不小心將其他細(xì)胞類型添加到分析物中,它們會降低結(jié)果的質(zhì)量。
激光顯微切割
激光顯微切割(LMD),也稱為激光捕獲顯微切割(LCM),是一種用于從各種組織標(biāo)本中在空間背景下隔離特定單個(gè)細(xì)胞或整個(gè)組織區(qū)域的無接觸、無污染的方法。原始組織的厚度、質(zhì)地和制備相對不重要。
然后,可以使用進(jìn)一步的分子生物學(xué)方法對切割下來的組織進(jìn)行分析,如下一代測序(NGS),包括RNA測序、定量聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)(qPCR)、實(shí)時(shí)qPCR、蛋白質(zhì)組學(xué)、代謝組學(xué)、脂質(zhì)組學(xué)和多組學(xué)技術(shù)。LMD現(xiàn)在被廣泛應(yīng)用于許多研究領(lǐng)域,例如病理學(xué)、神經(jīng)學(xué)、癌癥、植物分析、法醫(yī)學(xué)和氣候?qū)W。此外,LMD還用于細(xì)胞培養(yǎng)的操作或蓋玻片的微雕刻。
LMD對于基因組學(xué)(DNA)、轉(zhuǎn)錄組學(xué)(RNA)和蛋白質(zhì)組學(xué)(蛋白質(zhì))工作流程的優(yōu)化非常有用,因?yàn)樗试S在視覺控制下從組織中精確提取和收集純凈的起始材料以供分析。
使用LMD的結(jié)果
與完整的組織檢查結(jié)果相比,對單個(gè)細(xì)胞的分析經(jīng)常顯示出不同的結(jié)果[3-6]。研究表明,帕金森病患者的組織中某些microRNA的表達(dá)發(fā)生了變化。
當(dāng)同時(shí)檢查微切割的細(xì)胞時(shí),發(fā)現(xiàn)microRNA的表達(dá)在細(xì)胞水平上并沒有變化。這種組織偽影是借助激光顯微切割檢測到的。
使用LMD系統(tǒng)可以實(shí)現(xiàn)單個(gè)細(xì)胞的無接觸切割,或者在必要時(shí),實(shí)現(xiàn)更大面積組織的切割。切割下來的材料被捕獲在試管帽中,可以立即進(jìn)行處理。請參考下面的圖2、圖3和圖4。
圖2:左圖:經(jīng)過對10個(gè)單個(gè)DA神經(jīng)元進(jìn)行紫外線激光顯微切割(UV-LMD)后的鼠腦中腦冠狀切面,用甲酚紫染色。中圖:從上圖中選擇一個(gè)神經(jīng)元進(jìn)行LMD。右圖:在單個(gè)神經(jīng)元切片(左)和蓋帽對照(右)上進(jìn)行UV-LMD后,顯示了成功的隔離。
圖3:通過LMD和mRNA表達(dá)分析從人類PD(帕金森?。┖蛯φ账篮蟠竽X中分離出的單個(gè)黑質(zhì)DA神經(jīng)元。通過LMD從PD(A)和對照組大腦(B)的甲酚紫染色水平中腦冷凍切片中分離出神經(jīng)黑色素陽性[NM(+)]神經(jīng)元群。
圖4:LMD前后的甲酚紫染色小鼠大腦冷凍切片(A)和(B)[7]。
帕金森病研究的未來挑戰(zhàn)
目前,沒有用于早期診斷帕金森病的測試,而且該疾病存在許多變異。此外,還有一些具有類似癥狀的疾病。因此,一定比例的帕金森病病例被誤診或根本沒有被診斷出來。
成功治療帕金森病的前提是有效的早期診斷。如果能夠在神經(jīng)元?jiǎng)倓傞_始退化的初期階段診斷出疾病,就有可能防止神經(jīng)元進(jìn)行性退化并wan全阻止疾病的發(fā)展。
在血液或腦脊液中識別生物標(biāo)志物是目前研究的主要焦點(diǎn)。有些基因不僅在大腦中表達(dá),而且在所有細(xì)胞中普遍表達(dá)。如果帕金森病病例中多巴胺能神經(jīng)元的這些基因表達(dá)發(fā)生變化,就可以更容易地檢查可接近的組織以用于診斷目的。
也許在不久的將來,激光顯微切割(LMD)與人工智能(AI)甚至質(zhì)譜技術(shù)的結(jié)合,可以為更好地理解帕金森病帶來進(jìn)一步的突破。
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