物理圖譜（physicalmap）：物理圖譜反映的是DNA序列上兩點(diǎn)之間的實際距離，而遺傳圖譜則反映這兩點(diǎn)之間的連鎖關(guān)系。

物理圖譜描繪DNA上可以識別的標(biāo)記的位置和相互之間的距離（以堿基對的數(shù)目為衡量單位），這些可以識別的標(biāo)記包括限制性內(nèi)切核酸酶的酶切位點(diǎn)，基因等。

物理圖譜不考慮兩個標(biāo)記共同遺傳的概率等信息。它有多種形式，包括限制性圖譜（restrictionmap），用于對小區(qū)域、如kb數(shù)量級做精細(xì)結(jié)構(gòu)制圖；細(xì)胞遺傳學(xué)圖cytogeneticmap），用于較大片段如以104kb為長度數(shù)量級的區(qū)域制圖；還有STS含量圖（STScontentmap）和放射性雜交圖radio active hybridization），它們的分辨區(qū)域都大于1Mb（1000kb）；熒光原位雜交圖譜（FISH圖譜，fluo-rescence in situ hybridization）使用熒光標(biāo)記的DNA探針，來探測克隆體染色體DNA的物理圖譜，從而以細(xì)胞遺傳學(xué)圖中一條帶或一個熒光點(diǎn)的位置定出克隆體的位置。

對于人類、高等植物基因組來說，zui粗的物理圖譜是通過染色體分帶技術(shù)在染色體上的條帶染色模式，zui精細(xì)的物理圖譜是測出DNA的完整堿基對序列。