動物組織DNA的制備
一、實驗原理
提取核酸的基本程序包括細胞破碎-解聚核蛋白并去除蛋白質(zhì)-沉淀核酸并去除其它雜質(zhì)三步。破碎細胞的方法很多,高等動植物材料常用液氮研磨法。
核蛋白利用DNA核蛋白在0.14mol/L Nacl鹽溶液的溶解度很低的特點而實驗其與RNA核蛋白分離,殘存的RNA經(jīng) R Nase水解而去除。
蛋白質(zhì)經(jīng)蛋白酶水解,并經(jīng)苯酚、Trichloromethane變性而分開。提純過程中的DNA酶活性經(jīng)低溫操作并用SDS解聚或檸檬酸三鈉和EDTA.Na2等螯合劑抑制。逐漸純化的DNA經(jīng)乙醇或異丙醇沉淀而收集,終實現(xiàn)DNA分離純化之目的。
二、實驗用品
(一)器材
(1)離心機。
(2)水浴鍋。
(3)紫外分光光度計。
(4)研缽、液氮、帶蓋離心管。
(二)試劑
(1)蛋白酶K:用水或TEN9溶液溶解成10mg/ml,或直接用粉末。
(2)TEN9 pH9.0:稱取Tris6.05g EDTA.Na237.224g和NaCL 11.688g按順序溶于蒸餾水中,以HCL調(diào)PH9.0。
(3)TE溶液:50mmol/L Tris.HCL(PH8.0)-10mmol/L EDTA.Na2(PH8.0)。
(4)SS-phenol:以Tris平衡重蒸酚至PH8.0,加入0.1%的8-羥基喹啉(使溶液呈黃色,防止酚的氧化)。
(5)1mmol/L Tris.HCL(PH8.0):Tris121.14g溶解于蒸餾水中,以HCL調(diào)PH至8.0定容至1L。
(6)20% SDS:20g SDS溶于100ml蒸餾水中,配制時要小心,SDS對呼吸道有強烈的刺激,且毒性較大。
(7)RNase A 若試劑含有痕量DNase,用*℃ 10min滅活DNase。
(8)3mol/L NaAc,pH6.5:稱取NaAc.3H2O408.1g溶于蒸餾水中,HAc調(diào)PH至6.5后定容至1L。
TEN9、 Tris.HCL、NaAc均需高壓滅菌。
(三)材料
新鮮兔肝或雞肝。
二、實驗程序
(一)操作方法
1.操作步聚
(1)在液氮存在的條件下,于研中將5g動物組織碾成細粉(約需20~30min)。
(2)待液氮揮發(fā)后,將細粉轉(zhuǎn)至50ml帶蓋的離心管中,加入20mlTEN9和RNase(100µg/ml),混合均勻,加入1ml 20%SDS,將離心管上下顛倒幾次,并繼續(xù)輕揺10min。
(3)加入10mg蛋白酶K粉末,慢速攪拌使之溶解并混勻。
(4)在37℃至55 ℃保溫2~4小時,其間不時地輕搖。
(5)如需要,再加入10mg蛋白酶K粉末,繼續(xù)保溫至少2h,使組織充分消解。
(6)加入20ml SS-phenol,溫和顛倒離心管,使兩相充分混合,形成類似乳濁液狀。
(7)室溫,10000r/min離心10min,使混合液清晰分相(如分層不明顯,可適當加大離心力及離心時間)。上層水相含DNA,中間為變性蛋白質(zhì),下層為酚相。
(8)用大口吸管將上層水相轉(zhuǎn)至另一只離心管中,棄去界面相和酚相。
(9)將第6~8步重復進行幾次,直至中間相*消失(蛋白質(zhì)必須去除干凈,否則對DNA的溶解及酚切都不利)。
(10)離心后,將水相轉(zhuǎn)到透析袋中以去除小分子物質(zhì)。在TE中透析(稀釋因數(shù)應大于1000,稀釋因數(shù)指外界溶解與待透析液體積比的累積乘積),并用磁力攪拌器攪拌,提高透析效率,2h后轉(zhuǎn)至4℃繼續(xù)透析4h或過液(開始時,溶液中含大量的SDS,低溫下易析出,因此開始時必須先在溫室透析,由于透析袋較昂貴,用后可用TE浸泡,煮沸10min,可續(xù)用),可靜止透析。
(11)將透析后的溶液轉(zhuǎn)至50ml離心管中,加入NaAc溶液,使其終濃度為0.3mol/L,再加入0.8體積的異丙醇,溫和混勻(亦可用2倍體積的乙醇代替異丙醇,但可能使沉淀體積過大)。
(12)用玻璃棒繞起或鉤出呈現(xiàn)纖維狀的DNA,由于異丙醇不易干燥,可用70%的乙醇快速沖洗干燥后,在2~5ml TE中*溶解,并置冰箱保存。
(13)測定此DNA溶液在260nm和280nm波長下的OD值,此值應大于1.7.如果小于1.7,則說明含較多的蛋白,需加少量蛋白酶K保溫后,用SS-酚進一步抽提。另外,235nm處為鹽類及小分子化合物的吸收峰,因此應大于1.7。
2得率的計算
由于1OD260的DNA濃度為50µg/ml,因此DNA得率可按下公式計算:
1g新鮮組織的DNA含量=OD260×50×溶解體積/組織鮮重(µg DNA/g)。
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