實(shí)驗(yàn)室工作中，經(jīng)常會(huì)需要用到純化的DNA，這時(shí)我們通常需要使用一個(gè)商業(yè)的DNA提取試劑盒對(duì)目的DNA進(jìn)行分離純化。市面上有很多類型的提取試劑盒，當(dāng)使用不太熟悉的樣本類型時(shí)，選擇合適的盒子是尤為關(guān)鍵的，應(yīng)該如何選擇呢？讓我們一起來看看吧！
一、試劑盒組分
目前大多數(shù)DNA提取試劑盒遵循相同的基本步驟: 裂解，柱純化，洗滌雜質(zhì)，柱洗脫。然而，不同的盒子在完成每個(gè)步驟的方式上有很大的不同。
二、使用的樣本類型
不同的DNA來源有不同的試劑盒，從實(shí)驗(yàn)室培養(yǎng)的細(xì)胞，到臨床樣本，土壤樣本，甚至指紋，也有許多專門用于某些應(yīng)用的試劑盒。
例如，土壤中的腐殖酸或血液中的血紅蛋白會(huì)污染純化的DNA，從而干擾下游的DNA實(shí)驗(yàn)（如PCR）。當(dāng)然，也有一些試劑盒會(huì)在進(jìn)行純化步驟之前專門去除這些組分。
如果想從PCR或瓊脂糖凝膠中純化DNA，有許多方法可以提高瓊脂糖凝膠純化的回收率。
三、基因組 VS 質(zhì)粒DNA提取
一般來說，質(zhì)粒DNA分離要比基因組DNA分離溫和。這是因?yàn)獒槍?duì)質(zhì)粒DNA的裂解步驟需要染色體DNA與細(xì)胞蛋白片段保持結(jié)合，以防止其污染最終的樣品。兩種類型的DNA回收都有試劑盒，甚至有可以同時(shí)純化基因組DNA和總RNA的試劑盒。
四、細(xì)胞系 VS 生物體
在選擇DNA提取試劑盒時(shí)，最重要的變量可能是你所使用的生物體。
1.細(xì)菌：許多試劑盒都有用于細(xì)菌DNA分離的不同成分，這些試劑盒之間的主要區(qū)別在于細(xì)胞是如何被分解的，因?yàn)橛行┘?xì)菌比其他細(xì)菌更更有挑戰(zhàn)性。例如，形成生物膜的細(xì)菌可能比傳統(tǒng)的基于去垢劑的方法需要更強(qiáng)的裂解技術(shù)。
2.動(dòng)物組織：用于動(dòng)物組織DNA分離的試劑盒通常具有更溫和的裂解技術(shù)，因?yàn)榇蠖鄶?shù)動(dòng)物細(xì)胞不像細(xì)菌細(xì)胞那樣有細(xì)胞壁。然而，動(dòng)物組織DNA提取的挑戰(zhàn)往往在于選擇合適的組織勻漿方法。此外，許多動(dòng)物DNA純化試劑盒不使用苯酚/氯仿萃取或乙醇作為沉淀步驟，以減少破壞DNA的風(fēng)險(xiǎn)。
3.植物：當(dāng)涉及到植物DNA分離時(shí)，必須考慮到其他一些因素，需要注意污染物的去除。植物在純化過程中通常含有未分離的糖，因此，洗滌劑選擇性地與DNA結(jié)合并從溶液中析出，通常是先將洗滌劑溶解在高濃度的鹽溶液中，然后提取DNA。
4.血液：由于技術(shù)上的許多最新進(jìn)展，血液DNA分離試劑盒中有多種裂解技術(shù)和提取方法可供選擇。從血液中分離出的DNA將在很大程度上決定你使用的裂解和提取的類型。無論應(yīng)用是什么，一定要選擇一種能夠提供純凈、完整、雙鏈和濃縮DNA的試劑盒，以獲得最佳效果。
五、你需要多少DNA ?
大多數(shù)DNA分離試劑盒公司都提供含有類似成分的試劑盒，這種試劑盒可以根據(jù)處理樣品的體積進(jìn)行縮放。如下是一個(gè)基于大腸桿菌的DNA分離試劑盒推薦樣本體積的綱要，范圍很廣。
對(duì)于特殊的應(yīng)用，當(dāng)涉及到培養(yǎng)物或組織樣本的數(shù)量時(shí)，選擇可能較少。
小量制備: >15 mL
中量提取: 15-25 mL
大規(guī)模制備: 100-200 mL
巨型制備: 500-2,500 mL
甚至高達(dá)2.5-5升!
六、時(shí)間成本：生產(chǎn)率的考慮
當(dāng)一次處理超過50個(gè)樣本時(shí)，不再考慮使用小量柱純化，高通量DNA提取試劑盒是更好的選擇，它可以以96孔的形式運(yùn)行，以便在需要同時(shí)處理多個(gè)樣本的DNA的實(shí)驗(yàn)。DNA提取試劑盒有各種規(guī)格和大小，然而，共同的主線是，所選擇的試劑盒能產(chǎn)生干凈和濃縮的DNA?？梢远ㄆ谠u(píng)估DNA提取物的數(shù)量和質(zhì)量，以確保試劑盒適合此應(yīng)用類型。
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