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它的成就，首先在藥物分類上改變了原有上、中、下三品分類法，采取了“析族區(qū)類，振綱分目”的科學(xué)分類。它把藥物分礦物藥、植物藥、動物藥。又將礦物藥分為金部、玉部、石部、鹵部四部。植物藥一類，根據(jù)植物的性能、形態(tài)、及其生長的環(huán)境，區(qū)別為草部、谷部、菜部、果部、木部等5部；草部又分為山草、芳草、醒草、毒草、水草、蔓草、石草等小類。動物一類，按低級向高級進(jìn)化的順序排列為蟲部、鱗部、介部、禽部、獸部、人部等6部。還有服器部。這種分類法，已經(jīng)過渡到按自然演化的系統(tǒng)來進(jìn)行了。從無機到有機，從簡單到復(fù)雜，從低級到高級，這種分類法明顯含有生物進(jìn)化的思想，受到達(dá)爾文的高度重視。達(dá)爾文在《動物和植物在家養(yǎng)下的變異》一書中，引用了《本草綱目》中關(guān)于雞的七個品種和金魚家化的資料。尤其對植物的科學(xué)分類，要比瑞典的分類學(xué)家林奈早二百年。

《本草綱目》廣泛涉及醫(yī)學(xué)，藥物學(xué)，生物學(xué)，礦物學(xué)，化學(xué)，環(huán)境與生物，遺傳與變異等諸多科學(xué)領(lǐng)域。 它在化學(xué)*，較早地記載了純金屬、金屬、金屬氯化物、硫化物等一系列的化學(xué)反應(yīng)。同時又記載了蒸餾、結(jié)晶、升華、沉淀、干燥等現(xiàn)代化學(xué)中應(yīng)用的一些操作方法。李時珍還指出，月球和地球一樣，都是具有山河的天體，“竊謂月乃陰魂，其中婆娑者，山河之影爾”。《本草綱目》不僅是我國一部藥物學(xué)巨著，也不愧是我國古代的百科全書。正如李建元《進(jìn)本草綱目疏》中指出：“上自墳典、下至傳奇，凡有相關(guān)，靡不收采，雖命醫(yī)書，實該物理。”

本草綱目（中醫(yī)典籍） 《本草綱目》共有52卷，載有藥物1892種，其中載有新藥374種，收集醫(yī)方11096個，書中還繪制了1111幅精美的插圖，方劑11096首（其中8000余首是李時珍自己收集和擬定的），約190萬字，分為16部、60類。每種藥物分列釋名（確定名稱）、集解（敘述產(chǎn)地）、正誤（更正過去文獻(xiàn)的錯誤）、修治（炮制方法）、氣味、主治、發(fā)明（前三項指分析藥物的功能）、附方（收集民間流傳的藥方）等項。全書收錄植物藥有881種，附錄61種，共942種，再加上具名未用植物153種，共計1095種，占全部藥物總數(shù)的58%。李時珍把植物分為草部、谷部、菜部、果部、本部五部，又把草部分為山草、芳草、溼草、毒草、蔓草、水草、石草、苔草、雜草等九類，是我國醫(yī)藥寶庫中的一份珍貴遺產(chǎn)。是對16世紀(jì)以前中醫(yī)藥學(xué)的系統(tǒng)總結(jié)，被譽為“東方藥物巨典”，對人類近代科學(xué)影響大。