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關(guān)鍵詞:載體構(gòu)建|實驗技術(shù)服務(wù)
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測序?qū)嶒灹鞒蹋?br>設(shè)計siRNA靶序列
在制備siRNA 前都需要單獨(dú)設(shè)計siRNA序列.研究發(fā)現(xiàn)對哺乳動物細(xì)胞,zui有效的siRNAs是21-23個堿基大小、3’端有兩個突出堿基的雙鏈RNA;而對非哺乳動物,比較有效的是長片段dsRNA。siRNA的序列專一性要求非常嚴(yán)謹(jǐn),與靶mRNA之間一個堿基錯配都會顯著削弱基因沉默的效果。
1. 選擇siRNA靶位點(diǎn)
從轉(zhuǎn)錄AUG起始密碼子開始,搜尋下游AA序列,記錄跟每個AA 3’端相鄰的19個核苷酸作為候選的siRNA靶位點(diǎn)。有研究結(jié)果顯示GC含量在30%-50%左右的siRNA要比那些GC含量偏高的更為有效。Tuschl等建議在設(shè)計siRNA時不要針對5'和3'端的非編碼區(qū)(untranslated regions,UTRs),原因是這些地方有豐富的調(diào)控蛋白結(jié)合區(qū)域,而這些UTR結(jié)合蛋白或者翻譯起始復(fù)合物可能會影響siRNP核酸內(nèi)切酶復(fù)合物結(jié)合mRNA從而影響siRNA的效果
2. 序列同源性分析
將潛在的序列和相應(yīng)的基因組數(shù)據(jù)庫(人或者小鼠、大鼠等等)進(jìn)行比較,排除那些和其他編碼序列/EST同源的序列。例如使用BLAST( www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/)選出合適的目標(biāo)序列進(jìn)行合成.并非所有符合條件的siRNA都一樣有效,其原因還不清楚,可能是位置效應(yīng)的結(jié)果,因此對于一個目的基因,一般要選擇3-5個靶位點(diǎn)來設(shè)計siRNA。
3. 設(shè)計陰性對照
一個完整的siRNA實驗應(yīng)該有陰性對照,作為陰性對照的siRNA應(yīng)該和選中的siRNA序列有相同的組成,但是和mRNA沒有明顯的同源性。通常的做法是將選中的siRNA中的堿基序列打亂。當(dāng)然,同樣要保證它和其他基因沒有同源性。
合成模板
1. 合成編碼 shRNA的DNA 模板的兩條單鏈,模板鏈后面接有RNA PolyIII聚合酶轉(zhuǎn)錄中止位點(diǎn),同時兩端分別設(shè)計 BamH I 和 Hind III 酶切位點(diǎn),可以克隆到 siRNA 載體多克隆位點(diǎn)的 BamH I 和 Hind III 酶切位點(diǎn)之間。
2. 95℃,5 min,緩慢退火, DNA 單鏈得到 shRNA 的 DNA 雙鏈模板。
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