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（二）、除雜及抗體哺育。
8、超聲破碎結束后，10，000g 4oC離心10min。去除不溶物質。
留取300ul做實驗，其余保存于-80oC。
300ul中，100ul加抗體做為實驗組；100ul不加抗體做為對照組；100ul加入4ul5MNaCl（NaCl終濃度為0.2M），65oC處理3h解交聯(lián)，跑電泳，檢測超聲破碎的效果。
9、在100ul的超聲破碎產物中，加入900ulChIPDilutionBuffer和20ul的50×PIC。
再各加入60ulProteinAAgarose/SalmonSpermDNA。4oC顛轉混勻1h。
10、1h后，在4攝氏度靜置10min沉淀，700rpm離心1min。
11、取上清。各留取20ul做為input。一管中加入1ul抗體，另一管中則不加抗體。4oC顛轉。
（三）、檢驗超聲破碎的效果。
取100ul超聲破碎后產物，加入4ul5MNaCl，65oC處理2h解交聯(lián)。分出一半用酚/氯仿抽提。電泳檢測超聲效果。
第二天：
（一）、免疫復合物的沉淀及清洗。
12、孵育后，每管中加入60ulProteinAAgarose/SalmonSpermDNA。4oC顛轉2h。
13、4oC靜置10min后，700rpm離心1min。除去上清。
14、依次用下列溶液清洗沉淀復合物。清洗的步驟：加入溶液，在4oC顛轉10min，4oC靜置10min沉淀，700rpm離心1min，除去上清。
洗滌溶液：a.low salt wash buffer-one wash
b.highsalt wash buffer-one wash
c.LiCl wash buffer-one wash
d.TE buffer-two wash
15、清洗完畢后，開始洗脫。洗脫液的配方：100ul10%SDS，100ul1MNaHCO3，800ulddH2O，共1ml。
每管加入250ul洗脫buffer，室溫下顛轉15min，靜置離心后，收集上清。重復洗滌一次。zui終的洗脫液為每管500ul。
16、解交聯(lián)：每管中加入20ul 5M NaCl（NaCl終濃度為0.2M）。
混勻，65oC解交聯(lián)。
第三天：
（一）、DNA樣品的回收
17、解交聯(lián)結束后，每管加入1ulRNaseA（MBI），37oC孵育1h。
18、每管加入10ul0.5MEDTA，20ul1MTris.HCl（PH6.5），2ul10mg/ml蛋白酶K。
45oC處理2h。
19、DN段的回收----omega膠回收試劑盒。zui終的樣品溶于100ulddH2O。
（二）、PCR分析
ChIP-chip技術對于大規(guī)模挖掘順式調控信息成績，同時它可以用于胚胎干細胞和一些疾病如癌癥、心血管疾病和中央神經紊亂的發(fā)生的機制。研究人員還可以利用這項技術開發(fā)一些治療方法。目前ChIP-chip技術研究主要集中于兩個領域：及轉錄因子的結合和條件特異性；組蛋白的修飾，組蛋白修飾蛋白和染色體重建。
ChIP-chip在描述轉錄結合因子動力學中的研究、染色體結構組分的分布、在組蛋白的修飾、組蛋白修飾蛋白和染色體重建中的應用也十分廣泛。ChIP-chip 技術的優(yōu)點是，可以在體內進行反應；在給定的檢驗細胞環(huán)境的模式下得到DNA相互關系的簡單影像；使用特異性修正抗體鑒定與包含有一個特異性后轉錄修正的蛋白質的相關位點；直接或者間接（通過蛋白質與蛋白質的相互作用）的鑒別基因組與蛋白質的相關位點。缺點是：需要一個特異性蛋白質抗體，有時難于獲得；為了獲得高豐度的結合片段，必須實驗演示胞內條件下靶標蛋白質的表達情況；調控蛋白質的基因的獲取可能需要限制在組織來源中。
總之，ChIP-chip 技術的發(fā)展為析活細胞或組織中DNA與蛋白質的相互關系提供了一個極為有力的工具。在未來的研究中，將對芯片的構建進行改進，提高其實用性。使用易于獲得抗體，增加這種方法的可用性。
