烷基鏈類PROTAC 連接子
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烷基鏈類PROTAC 連接子
連接鏈長度對PROTAC分子降解效率的影響︰在 PROTAC分子連接靶蛋白和E3酶發(fā)揮作用時,兩者間會產(chǎn)生基于蛋白的相互作用,這種相互作用會影響PROTAC分子本身的穩(wěn)定性,還會影響PROTAC分子的降解效率。通過改變PROTAC的分子結(jié)構(gòu)使蛋白的弱相互作用變強(qiáng)。通過改變PORTAC分子的連接鏈的長度和位置,來改變?nèi)獜?fù)合物的底物構(gòu)象從而改變其相互作用強(qiáng)度。以dBET23(1)以及dBET6(2)這兩種連接鏈結(jié)合位點(diǎn)不同的PROTAC為起始研究對象,分別改變了連接鏈的長度,將得到的PROTAC分子與蛋白結(jié)合后進(jìn)行時間分辨熒光共振能量轉(zhuǎn)移分析( time-resolved fluorescence resonanceenergy transfer,TR-FRET),觀測蛋白間的相互作用受到的影響。
結(jié)果:連接鏈長度較短的 PROTAC分子dBET57(3)相較于dBET6(2),通過改變蛋白接近時的構(gòu)象,改變了CRBN 與BRD4相互作用的殘基,削弱了兩者的蛋白相互作用。在dBET23(1)的基礎(chǔ)上改變了連接鏈的原子數(shù),得到了對于一系列高度同源的BRD蛋白具有選擇性的PROTAC小分子化合物ZXH-3-26 。具有較短連接鏈的PROTAC分子選擇性高,其原因是連接鏈長度適當(dāng)縮短后,具有較短連接鏈的ZXH-3-26(4)與蛋白結(jié)合時,產(chǎn)生了不同于該組設(shè)計的其他PROTAC分子的構(gòu)象,限制了BRD與CRBN間產(chǎn)生穩(wěn)定性相互作用的構(gòu)象數(shù)目,從而具有選擇性。
3-Maleimidopropionic acid、3-Mercaptopropionic acid NHS ester、4-(6-Methyl-1,2,4,5-tetrazin-3-yl)phenol、4-(N-Boc-amino)-1,6-heptanedioic acid、4-Boc-amino-2,2-dimethylbutyric acid、4-Bromobutylphosphonic acid、4-Maleimidobutyric acid、5-(Biotinamido)pentylamine、5-(Biotinamido)pentylazide
PROTAC偶聯(lián)定制
PROTAC化學(xué)定制
PROTAC路線設(shè)計
PROTAC偶聯(lián)物
PROTAC交聯(lián)劑
PROTAC連接子
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