一、小鼠細胞STR鑒定服務(wù)簡介
STR(Short Tandem Repeat,短串聯(lián)重復序列)是一類廣泛存在于真核生物基因組中的DNA 串聯(lián)重復序列,其核心序列重復次數(shù)存在個體差異多態(tài)性,因此STR也被稱為細胞的DNA指紋。據(jù)估計,已建立的細胞系中,約20%是錯誤的細胞類型或物種起源,約30%存在種間或種內(nèi)交叉污染(ICLA受污染細胞清單)。細胞系的交叉污染和錯誤辨識已成為生物醫(yī)學基礎(chǔ)研究和生物醫(yī)藥產(chǎn)業(yè)的重大危害,并導致科學研究結(jié)論錯誤、結(jié)果不可重復、臨床細胞治療失敗等。因此NIH、ATCC、Science和Nature等機構(gòu)多次發(fā)出呼吁并要求研究者對細胞進行鑒定。無論是文章投稿、基金申請、細胞治療還是構(gòu)建細胞庫,細胞是否有“身份”都是重要環(huán)節(jié)。
依據(jù)美國國家標準技術(shù)研究所NIST 和ATCC 建議的9個四堿基重復位點:18-3、9-2、6-7、5-5、X-1、15-3、12-1、6-4、4-2和Jarid1。并額外添加人源位點CSF1PO和vWA,用于鑒定人鼠細胞交叉污染。
美德華生小鼠細胞STR鑒定:本科研單位實驗室20位點的小鼠細胞STR分型檢測:18-3、4-2、6-7、19-2、1-2、7-1、8-1、1-1、3-2、2-1、15-3、6-4、13-1、11-2、17-2、12-1、5-5、X-1 + TH01、D5S818。采用人鼠復合擴增體系檢測人類細胞中的小鼠細胞污染,主要應(yīng)用在干細胞研究領(lǐng)域。同時可以用于判斷人鼠細胞混淆的情況。
二、小鼠細胞STR鑒定服務(wù)內(nèi)容
(一)小鼠細胞STR鑒定服務(wù)流程
(二)小鼠細胞STR鑒定服務(wù)特點
1.采用國際目前的STR檢測技術(shù)。采用小鼠基因分型試劑盒(Mouse STR v3.0)對18-3、4-2、6-7、19-2、1-2、7-1、8-1、1-1、3-2、2-1、15-3、6-4、13-1、11-2、17-2、12-1、5-5、X-1等18個小鼠STR位點(與CELLOSAUROUS數(shù)據(jù)庫一致)和2個人源STR位點(同時監(jiān)控是否有人源細胞交叉污染)進行復合擴增,在ABI 3130XL型遺傳分析儀上對擴增產(chǎn)物進行檢測。
2.靈敏度高。可以鑒別細胞樣本中含有的少量其他人源和小鼠細胞污染,檢測線為皮克級。
3.參考國際細胞鑒定委員會(ICLAC)發(fā)布的細胞鑒定標準:其中舊版(ASN-0002-2011)。
4.鑒定報告中文版或中英版(自選),以及圖譜(見小鼠細胞STR分型檢測圖譜)。報告列舉和標準細胞庫匹配度≥80%的細胞STR數(shù)據(jù)列表,同時附上STR分型數(shù)據(jù)結(jié)果在標準細胞庫的比對截圖,使結(jié)果更加直觀,便于分析理解。
5.種屬鑒定作為輔助檢測。當對樣本進行小鼠細胞STR分型檢測時,發(fā)現(xiàn)是非小鼠的,則進行種屬鑒定,確認樣本種屬。
(三)小鼠細胞STR鑒定注意事項
1.樣品寄送:用戶提供DNA或細胞 樣本,加冰袋運輸;同時請注明細胞數(shù)量或DNA含量,DNA 含量大于50ng/μl,體積大于20μl。如提供細胞,請?zhí)峁㏄BS細胞懸浮液,離心沉淀,去上清液,可常溫特快專遞運輸(京外客戶推薦方法);細胞數(shù)量≥106個。
2.正常檢測周期5-7個工作日,加急2-3個工作日。同時,可以提供小鼠細胞STR分型檢測整體解決方案,即提供ABI 3130xl和配套的試劑軟件,技術(shù)培訓,實現(xiàn)自行檢測,控制檢測時間。
3.本單位所提供的小鼠細胞STR分型檢測可分為科研級,工業(yè)級??蒲袡z測:遵循ISO17025原則,樣本、數(shù)據(jù)長期保存,不支持現(xiàn)場審查;工業(yè)級:遵循ISO17025原則,樣本、數(shù)據(jù)長期保存,支持現(xiàn)場審查。
(四)小鼠細胞STR鑒定結(jié)果交付
檢測結(jié)果以電子版的形式發(fā)放到訂單或合同上面預留的郵箱,書面報告可根據(jù)需要隨時提供,寄送到貴單位。
三、小鼠細胞STR鑒定20位點
小鼠細胞20個基因座檢測:18個小鼠位點+2個人源位點。位點如下: